Nonostante in molti gli sconsigliassero di giocare a calcio a causa della sua debolezza fisica (a scuola era soprannominato pidocchio), iniziò la sua carriera nel Cobresal, club cileno in cui non riuscì a sfondare. Nel corso della stagione 1986-1987 venne prestato al Cobreandino, in cui realizzò sorprendentemente 27 reti in 14 partite. Anche nelle due successive stagioni, tornato al club di provenienza, tenne una media superiore ad un goal a partita.
Dal suo arrivo in Europa, datato 1988, ha sempre dimostrato di essere un attaccante di grande carattere ed ha militato nel FC San Gallo in Svizzera (con cui vinse la classifica cannonieri nell'annata 1990-1991 con 23 centri), ma prima di andare al San Gallo fece un provino per il Bologna con il connazionale al epoca piu famoso e ritenuto piu promettente Hugo Rubio ma venne scartato in favore dell'piu celebre compagno, ma la decisione si dimostro sbagliata perche Rubio fu un fiasco totale e Zamorano andô avanti per diventare uno dei piu forti attaccanti dell'mondo. Dopo il San Gallo andô al Siviglia e poi Real Madrid in Spagna (con cui fu due volte re dei bomber) e FC Internazionale in Italia, per poi ritornare sull'altra sponda dell'Atlantico, giocare in Messico e ritornare nuovamente in patria.
La sua personalità e il suo amore per i colori neroazzurri lo hanno fatto diventare un beniaminio dei tifosi e viene ricordato ancora come uno dei migliori attaccanti del recente passato. Con i neroazzurri ha vinto una Coppa UEFA nel 1998, segnando tra l'altro la prima rete del 3-0 con cui in milanesi si imposero contro la Lazio in finale. Nell'Inter ha realizzato 41 goal in 149 partite complessive tra campionato, coppa italia e coppe europee. | 
